Créer un flux RSS depuis PubMed

Voici un petit guide rapide pour créer un flux RSS à partir d’une recherche PubMed.

Un flux RSS (RSS Feed en anglais) est un flux de données qui est régulièrement mis à jour. Par exemples les titres d’un journal peuvent constituer un flux RSS. Y compris les revues médicales, ici vous trouverez par exemple, le flux du sommaire de l’American Journal of Clinical Nutrition.

Autre exemple, vous pouvez trouver ici une liste d’infos que j’ai aimées, que je rediffuse à mon tour, c’est une des possibilité offerte par Google Reader.

On peut enregistrer une recherche PubMed sous forme de flux, ainsi lorsqu’un nouvel article répondant à vos critères paraîtra vous l’obtiendrez automatiquement dans votre lecteur de flux RSS.

Il existe plusieurs lecteurs de flux RSS. Il existe des applications intégrées aux navigateurs web comme Internet Explorer ou Safari (attention Google Chrome ne le supporte pas nativement). Il existe aussi des applications « tout en ligne » comme Google Reader (c’est la solution que j’ai choisie pour des raisons d’interoperabilité avec d’autres applications) ou encore  des applications dédiées à installer sur votre ordinateur (pas forcément pratique lorsque l’on n’a pas de droits d’administration). En pratique on va utiliser Google Reader ici.

Tout d’abord il faut créer un compte Google. Il sera utile pour accéder à Google Reader si vous n’avez pas déjà un compte Google (qui vous permettra des dizaines d’autres choses gratuites par ailleurs : agenda partagé, mail, stockage photo, etc.)

Rendez-vous sur www.google.fr ; tapez « créer un compte google » dans le moteur de recherche. Vous devriez rapidement arriver sur une page de création de compte :

Entrez votre adresse email habituelle, un mot de passe solide. Google vous demandera de passer à travers deux vérifications pour éviter les spams : d’abord la classique image qu’il faut transcrire en caractères puis Google vous demandera votre numéro de téléphone portable pour vous envoyer un code d’activation.

Voilà votre compte Google est créé.

Ensuite, rendez-vous sur PubMed.

Dans PubMed il convient de trouver les bons mots clés pour votre recherche. Pour cela il faut utiliser le MeSH Browser : soit vous dérouler la boite de dialogue située immédiatement à gauche du champ de recherche jusque « MeSH » soit vous cliquez sur le lien « Mesh Database » en dessous de la colonne « Ressources » en bas à droite.

Imaginons que nous voulons suivre l’actualité médicales sur les « oméga 3 ». Le terme ne parait pas optimal, n’est-ce pas ? Entrons le tout de même dans le champ de recherche. Puis lancez la recherche, le mot-clé correct apparait : il s’agit de Fatty Acids, Omega-3.

Cliquez sur cette première proposition, puis cochez la case à gauche et dans la boite de dialogue Send To, choisissez « Search Box with AND »

Lancez la recherche Pubmed en vérifiant bien que vous recherchez sur PubMed et que vous n’êtes pas resté dans le « MeSH Browser » : il s’agit du menu déroulant en haut à gauche.

Les résultats concernant les oméga 3 apparaissent. Des milliers de résultats, on va simplifier la recherche grâce aux « Limits » du moteurs de recherches. On choisira les articles des 30 derniers jours par exemple.

Ensuite il faut créer le flux RSS en soit. Pour cela, il faut cliquer sur le petit bouton orange à côté du champ de recherche.

La boite de dialogue « RSS Settings » apparait, vous n’avez qu’à choisir un nom pour ce flux par exemple : « Oméga 3 ». puis cliquez sur « Create RSS ».

Une toute petite boite de dialogue avec un petit bouton XML apparait.  Cliquez sur ce bouton XML.

Une nouvelle page apparait dans votre navigateur avec le flux RSS.

A ce stade vous pouvez soit choisir d’utiliser votre navigateur pour suivre les flux ou utiliser Google Reader. Pour utiliser Google Reader, il suffit de copier l’adresse de votre flux RSS du type : « http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/erss.cgi?rss_guid=1XqGRY609FjiTJgottcgp-y8moZE5-prYh1K-qEIzj2sOh25fY »

Rendez-vous dans Google Reader.

Cliquez sur « Ajouter un Abonnement », et collez l’URL que vous venez de mettre dans le presse-papier.

Votre flux apparait désormais dans Google Reader. Vous n’avez plus qu’à vous familiariser avec Google Reader.


Intérêts des oméga-3

Voici un résumé des intérêts retrouvés dans la littérature scientifique des oméga-3. Voir içi pour mon court billet sur le sujet.

Il s’agit d’une rapide traduction de cet article :

Summary of a workshop on n-3 fatty acids: current status of recommendations and future directions.

Akabas SRDeckelbaum RJ.

Institute of Human Nutrition, Columbia University, New York, NY 10032, USA. sa109@columbia.edu

Am J Clin Nutr. 2006 Jun;83(6 Suppl):1536S-1538S.

Grossesse

Consensus scientifique

  • Une consommation élevée d’huile de poissons est associée avec un terme optimal et pourrait réduire l’incidence des dépressions du post-partum
  • Les femmes bénéficient au mieux de 100 à 300 mg de DHA par jour

Recherche à poursuivre

  • Existe-t-il un risque de majoration du saignement en post-partum avec les oméga-3 ?
  • Réaliser des études dose/effet afin d’optimiser la posologie des oméga-3 pendant la grossesse
  • Impact de la supplémentation en oméga-3 sur les fonctions neuro-psychologiques et le taux d’infection chez les enfants

Pédiatrie

Consensus scientifique

  • Des apports élevés en EPA par rapport au DHA peut conduire à la diminution du taux de croissance
  • Un ration de 1,4:1 ou 2:1 de DHA par rapport l’acide arachidonique bénéficie aux enfants de petit poids en terme de développement cognitif et visuel.

Recherche à poursuivre

  • Le rôle de l’ALA est mal compris. En tout cas l’ALA se semble pa pouvoir se substituer au DHA
  • Nécessité d’études de dose/effet
  • Rôle de la DHA dans la prévention des pathologies auto-immunes et des allergies est mal connu

Pathologies cardio-vasculaires

Consensus scientifique

  • Baisse de la mortalité globale après l’apparition de pathologies cardio-vasculaires
  • Réduction de la mort subite et de l’arythmie dans les essais de prévention secondaire
  • Réduction du taux de triglycérides.
  • Augmente discrètement le taux de LDL sans augmentation cliniquement significative

Recherche à poursuivre

  • Etudes dose/effet
  • Certaines données issues d’essais cliniques de petite envergure suggèrent que le DHA seul est similaire ou supérieure à une combinaison d’EPA et de DHA; ces études devraient être reproduites dans des essais plus importants.
  • Une vaste étude sur les effets des oméga-3 dans la prévention primaire des maladies cardiovasculaires devrait être menée.

Psychiatrie

Consensus scientifique

  • L’association d’EPA et de DHA semble plus efficace que le DHA seul
  • Les oméga-3 sont de nature à améliorer les étatspsychotiques, agressifs et dépressifs chez les patients les plus sévères

Recherche à poursuivre

  • Les recommandations d’apports en oméga-3 dans les pathologies psychiatriques les plus lourdes doivent rester prudentes du fait d’une analyse incomplète des données
  • Des études dose/effet en prévention primaires font défaut

Vieillissement : démence et DMLA

Consensus scientifique

  • La consommation de poissons et de DHA sont protecteurs contre le déclin cognitif
  • La consommation de poisson et de DHA sont associés à un risque réduit de développer une maladie d’Alzheimer
  • Le DHA pourrait améliorer l’agressivité chez les patients atteints de démence
  • La consommation de poisson et d’ALA sont associés à une faible diminution du risque de DMLA

Recherche à poursuivre

  • Il manque des études dose/effet

Syndrome métabolique

Consensus scientifique

  • Pour améliorer la sensibilité à l’insuline, les oméga-3 sont plus utiles en préventif qu’en curatif.
  • EPA et DHA diminuent significativement l’hypertriglycéridémie
  • Les oméga-3 devraient être associés avec les autres interventions sur le mode de vie comme l’activité physique, le régime et les traitements médicamenteux.

Recherche à poursuivre

  • Etude dose/effet, d’autant plus qu’il semble exister une grande disparité de réponse interindividuelle
  • Une grande étude d’intervention primaire devrait être conduite.

Pathologies dysimmunitaires

Consensus scientifique

  • Dans la polyarthrite rhumatoïde, il existe un rôle bénéfique démontré de l’apport d’EPA et de DHA avec une réduction des doses d’AINS et des besoins en corticoïdes.
  • Les niveaux de preuves sont plus faibles dans la maladie de Crohn et le psoriasis, mais les oméga-3 pourrait augmenter les périodes de rémission dans la maladie de Crohn et diminuer les doses de corticoïdes dans ces deux pathologies
  • L’ALA n’est pas anti-inflammatoire à des doses inférieures à 10g/jour

Recherche à poursuivre

  • Il manque des études dose/effet notamment dans le cadre d’une prévention primaire.
  • Il existe un début de preuve pour un intérêt dans l’asthme infantile.
  • Il n’y a pas de preuve d’un intérêt ou des données contradictoires sur les apports en oméga-3 dans la rectocolite hémorragique, le lupus érythémateux disséminé ou l’asthme de l’adulte : d’autres études sont nécessaires.

Conclusion générale

Consensus scientifique

  • Les oméga-3 provenant de source marine (algue ou poisson) sont plus efficaces que ceux dérivés des végétaux.
  • La rentabilité de la conversion de l’ALA dérivé des plantes (huiles) vers l’EPA et le DHA dépend énormément de l’apport en oméga-6.

Recherche à poursuivre

  • Il n’est pas possible actuellement de faire des recommandations d’apport sur un seul acide gras oméga-3 par rapport à l’apport associant EPA et DHA
  • Des études dose/effet comparant EPA et DHA sont ainsi nécessaires
  • Il convient de déterminer dans les années à venir les différentes concentrations tissulaires en oméga-3 afin de mieux déterminer des cibles thérapeutiques. Les dosages plasmatiques constituent en effet un médiocre ersatz.
  • Les apports en oméga-6 influencent défavorablement la prise d’oméga-3 de part la concurrence qui existe entre ces deux familles d’acides gras dans les chaînes métaboliques.
  • Des politiques de santé publique poussant à consommer plus d’oméga-3 doivent être développées
  • Des recherches multidisciplinaires doivent être construites afin d’analyser dans le même temps des effets sur différentes cibles (ex système cardiovasculaire et neuro-psychologique)