Créer un flux RSS depuis PubMed

Voici un petit guide rapide pour créer un flux RSS à partir d’une recherche PubMed.

Un flux RSS (RSS Feed en anglais) est un flux de données qui est régulièrement mis à jour. Par exemples les titres d’un journal peuvent constituer un flux RSS. Y compris les revues médicales, ici vous trouverez par exemple, le flux du sommaire de l’American Journal of Clinical Nutrition.

Autre exemple, vous pouvez trouver ici une liste d’infos que j’ai aimées, que je rediffuse à mon tour, c’est une des possibilité offerte par Google Reader.

On peut enregistrer une recherche PubMed sous forme de flux, ainsi lorsqu’un nouvel article répondant à vos critères paraîtra vous l’obtiendrez automatiquement dans votre lecteur de flux RSS.

Il existe plusieurs lecteurs de flux RSS. Il existe des applications intégrées aux navigateurs web comme Internet Explorer ou Safari (attention Google Chrome ne le supporte pas nativement). Il existe aussi des applications « tout en ligne » comme Google Reader (c’est la solution que j’ai choisie pour des raisons d’interoperabilité avec d’autres applications) ou encore  des applications dédiées à installer sur votre ordinateur (pas forcément pratique lorsque l’on n’a pas de droits d’administration). En pratique on va utiliser Google Reader ici.

Tout d’abord il faut créer un compte Google. Il sera utile pour accéder à Google Reader si vous n’avez pas déjà un compte Google (qui vous permettra des dizaines d’autres choses gratuites par ailleurs : agenda partagé, mail, stockage photo, etc.)

Rendez-vous sur www.google.fr ; tapez « créer un compte google » dans le moteur de recherche. Vous devriez rapidement arriver sur une page de création de compte :

Entrez votre adresse email habituelle, un mot de passe solide. Google vous demandera de passer à travers deux vérifications pour éviter les spams : d’abord la classique image qu’il faut transcrire en caractères puis Google vous demandera votre numéro de téléphone portable pour vous envoyer un code d’activation.

Voilà votre compte Google est créé.

Ensuite, rendez-vous sur PubMed.

Dans PubMed il convient de trouver les bons mots clés pour votre recherche. Pour cela il faut utiliser le MeSH Browser : soit vous dérouler la boite de dialogue située immédiatement à gauche du champ de recherche jusque « MeSH » soit vous cliquez sur le lien « Mesh Database » en dessous de la colonne « Ressources » en bas à droite.

Imaginons que nous voulons suivre l’actualité médicales sur les « oméga 3 ». Le terme ne parait pas optimal, n’est-ce pas ? Entrons le tout de même dans le champ de recherche. Puis lancez la recherche, le mot-clé correct apparait : il s’agit de Fatty Acids, Omega-3.

Cliquez sur cette première proposition, puis cochez la case à gauche et dans la boite de dialogue Send To, choisissez « Search Box with AND »

Lancez la recherche Pubmed en vérifiant bien que vous recherchez sur PubMed et que vous n’êtes pas resté dans le « MeSH Browser » : il s’agit du menu déroulant en haut à gauche.

Les résultats concernant les oméga 3 apparaissent. Des milliers de résultats, on va simplifier la recherche grâce aux « Limits » du moteurs de recherches. On choisira les articles des 30 derniers jours par exemple.

Ensuite il faut créer le flux RSS en soit. Pour cela, il faut cliquer sur le petit bouton orange à côté du champ de recherche.

La boite de dialogue « RSS Settings » apparait, vous n’avez qu’à choisir un nom pour ce flux par exemple : « Oméga 3 ». puis cliquez sur « Create RSS ».

Une toute petite boite de dialogue avec un petit bouton XML apparait.  Cliquez sur ce bouton XML.

Une nouvelle page apparait dans votre navigateur avec le flux RSS.

A ce stade vous pouvez soit choisir d’utiliser votre navigateur pour suivre les flux ou utiliser Google Reader. Pour utiliser Google Reader, il suffit de copier l’adresse de votre flux RSS du type : « http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/erss.cgi?rss_guid=1XqGRY609FjiTJgottcgp-y8moZE5-prYh1K-qEIzj2sOh25fY »

Rendez-vous dans Google Reader.

Cliquez sur « Ajouter un Abonnement », et collez l’URL que vous venez de mettre dans le presse-papier.

Votre flux apparait désormais dans Google Reader. Vous n’avez plus qu’à vous familiariser avec Google Reader.